تخلیه فاضلاب شهری از چندین نقطه و دخل و تصرف در حریم رودخانه باعث آلودگی و مشکلات زیست محیطی شده است. عدم لایروبی، ورود پسماند کشاورزی و ریختن نخاله ساختمانی جهت احداث پارک، موجب بازگشت فاضلاب از رودخانه به ساحل شده است که این امر باعث بوجود آمدن مشکلات بهداشتی و بوی نامطبوع برای ساکنین کنار رودخانه شاوور شده است. روستاهای پائین دست از آب رودخانه جهت مصارف کشاورزی، دامداری و شست و شو استفاده میکنند که همین کار باعث بیماریهای زیادی برای دامها و ساکنین روستاها شده است.